A maioria das espécies de moscas formam parte de um grupo de animais conhecidos como decompositores. Quando essas espécies se alimentam de animais mortos, excrementos ou plantas em decomposição, na realidade o que estão a fazer é a reciclar os nutrientes contidos nesses elementos e torná-los disponíveis para as plantas.
Consegue-se, assim, para que a matéria nos ecossistemas possa ir passando de uns organismos para outros de forma cíclica e equilibrada. Outras espécies de moscas alimentam-se apenas do néctar das flores, como as abelhas, desempenhando uma valiosa função na polinização de muitas espécies de plantas.